復旦大學附屬中山醫院內鏡中心于1992年正式成立，并成立了獨立的專科，2008年成立復旦大學內鏡診療研究所，又相繼成立了上海市消化內鏡診療工程技術中心，衛生部內鏡診療培訓基地和亞太區消化內鏡培訓中心等，2016年獲上海市科技進步一等獎，在世界多國國家會議上進行精彩的講座和手術演示，受到國際同行好評，吸引多國內鏡醫師“求科研合作”。2019年，胃腸鏡診療量達11萬人次，其中內鏡治療1.2萬人次，位居中國乃全球第一。內鏡中心在診療項目和診療質量上處于國內很高的地位，包括：1．經內鏡下括約肌切開術（POEM）2. 內鏡粘膜下剝離術（ESD）3．粘膜下腫瘤的隧道內鏡切除術（STER）4、急性結直腸梗阻的內鏡下引流術4．急性化膿性梗阻性膽管炎的內鏡引流術等。
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